※ Whole Genome Sequencing (WGS):

de novo Sequencing:

현재까지 밝혀지지 않아 Reference sequence가 없거나, 상당한 structural variation이 예상되는 전체 genome을 분석하는 방법입니다. 얻어진 결과를 바탕으로 육종이나 질병에 대한 유전적 요소를 유추할 수 있습니다. 미생물, 동식물의 de novo sequencing에서 가장 어려운 부분인 genome assembly는 OpGen의 optical mapping 기술로 빠르고 정확하게 진행할 수 있습니다.

 

Resequencing:

Referencesequence를 이미 확보한 경우, resequencing은 유전정보 획득과 분석을 통해, SNP, indel 등을 포함하는 종이나 개체 변이에 대해 다양한 정보를 얻을 수 있게 합니다.

 

1) Whole Exome Sequencing (WES)

 

Genomic DNA 중 유전자 발현에 관련된 exome만을 capture하여 sequencing하는 방법으로coding region에서의 variation을 발굴하는 target sequencing 입니다.

적은 비용으로 high quality의 whole exome 전체 data를 획득할 수 있습니다.

▶ TruSeqExome Enrichment kit (Illumina)

▶ NexteraExome Enrichment kit (Illumina)

▶ SureSelect All Exon Kits (Agilent)

 

 

2) Targeted Resequencing

 

전체 genomic DNA 중 targeted 부위만 분석하는 방법입니다.

GWAS(GenomeWideAssociationStudy)이후에 밝혀진 유의 구간이나, 관심 있는 특정 질병 관련 유전자구간을 선택, capture한 후 sequencing하여 SNP, Insertion, Deletion, CNV 등의 variation을 분석합니다.

 

 

※ Transcriptome analysis

 

1) Whole Transcriptome Sequencing (Strand Specific available)

Whole transcriptome sequencing을 통하여, 각 유전자의 발현 정도 확인 뿐만 아니라, 새로운 transcript, splice isoform, transcript 구조, 질병과 관련된 coding SNP 연구, 그리고 small RNA data를 분석 등에 이용할 수 있습니다.

2) mRNA Sequencing (Strand Specific available)

기존의 mRNA-seq을 통해 확인할 수 있던 differential gene expression profiling외에도, 최근 개발된 stranded mRNA-seq의 기술은 strand orientation, uniform coverage, alternative transcript, gene fusion, allele-specific expression 등도 함께 확인할 수 있게 되었습니다.

3) Small RNA Sequencing

Small RNA의 NGS 분석을 통하여 다양한 small RNA의 expression 정도, 새로운 small RNA 유전자 발견과 그 기능에 대한 예측가능한 결과를 얻고, 이것을 바탕으로 cancer 연구 등에 활용하실 수 있습니다.

 

 

 

※ Gene regulation and Epigentic analysis

 

1) Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS)

전체 genome에 걸쳐, bisulfite conversion을 실시하고 그 산물을 NGS 기법으로 분석하는 방법으로 single base resolution 수준으로 methylation 상태의 결과를 얻을 수 있습니다.

2) Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)

우선 CCGG sites를 인식하는 MspI을 처리하고 bisulfite conversion을 진행합니다. 이를 통해, 전체 genome은 아니지만, promoter나 다른 조절부위와 같은 CpG-rich regions에 대한 결과를 적은 비용과 시간투자로 얻을 수 있습니다.

3) Methylation Sequencing (MBD-Seq)

Chromatin immuno precipitation (ChIP) 방법을 이용하여 단백질과 결합한 모든 DNA fragment를 회수하고 NGS를 통해 결합 부위를 밝히는 방법으로, targeted protein 에 따라 transcription factor부터 methylation이 발생한 부위까지 분석 가능합니다.